由于水的泥土、泥沙、腐殖物形成污垢，加上细菌、藻类等微生物及其分泌物形成的生物粘泥，会附着在冷凝器换热管壁上形成泥垢，严重时造成管路堵塞；而污垢、粘泥会影响热交换效率，多耗电能，造成高压运行，严重时造成超压停机。所有这些严重地影响了冷凝器的正常运行。
冷凝器清洗分为物理清洗和化学清洗，物理清洗一般用高压水射流将冷凝器铜管的泥垢清理出来；如果结垢为硬质水垢，应进行化学清洗，物理方式无法将水垢除去。为了使冷凝器在最优化状态下运行，就必须对冷凝器进行专门的化学药物处理，清除水垢、锈蚀、粘泥、杀菌和防腐蚀处理，还原成清洁的金属表面。
清洗工艺如：
1、将冷却水进出冷凝器的阀门关紧，利用温度计管、压力表管或排污管连接防腐泵、配液箱做成小循环系统，循环清洗。
2、先加入酸洗缓蚀剂，此药剂为专用铜缓蚀剂，它附着在冷凝器金属内壁上，防止酸和金属发生反应。
3、加入固体酸洗清洗剂，用于清洗碳酸钙垢为主要成份的水垢，清洗剂是复合固体有机酸，白色晶体，对金属的无腐蚀性，为弱酸；清洗剂用量按设备结垢量而定。
4、加入泥垢剥离剂（可选），如果冷凝器设备结垢较厚时，需要添加泥垢剥离剂，促进水垢反应后的生成物快速溶于水，加快深层水垢反应。
5、加入中和钝化剂，在冷凝器进行化学清洗后，中化残酸，防止金属表面氧化而生成二次浮锈。
6、清洗工艺：
A、清洗温度：一般采用常温清洗，如果结垢较厚可以在40~50清洗以提高清洗速度。
B、将进出机组的阀门关上，利用压力表或温度计管、防腐泵、酸液箱连成清洗循环系统。清洗时先加入缓蚀剂，缓蚀剂循环均匀后缓慢加入有机酸，清洗中应定时检测反应情况，清洗剂不足时需补足，以保证有足够的酸液和水垢反应，清洗中按水垢反应情况，可加入适量泥垢剥离剂、消泡剂等。
C、清洗结束后，要将余液排出，并加入清水冲洗。
D、冷凝器清洗后还需要加入中和钝化剂，中和残酸，以防止金属内壁氧化。
E、冷凝器清洗时间为5~10小时左右，按实际情况而定。
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